Контрольно-счетная палата муниципального района "Могойтуйский район" является постоянно действующим органом внешнего муниципального финансового контроля, является юридическим лицом, образуется Советом муниципального района "Могойтуйский район" и ему подотчетен. Контрольно-счетная палата обладает организационной и функциональной независимостью и осуществляет свою деятельность самостоятельно на основе Конституции Российской Федерации, законодательства Российской Федерации, законов и иных нормативных правовых актов Забайкальского края, Устава муниципального района "Могойтуйский район" Положения и иных муниципальных правовых актов Совета муниципального района "Могойтуйский район". Деятельность Контрольно-счетной палаты основывается на принципах законности, объективности, эффективности, независимости, открытости и гласности.